Migrar Joomla! sin romper enlaces

En el trabajo he tenido que trasladar varios portales Joomla! a otro servidor/dominio para reducir el espacio ocupado en el primer servidor. He procurado que todos los enlaces al antiguo dominio sean redireccionados a la página correspondiente al nuevo dominio, para ello he escrito un pequeño código para sustituir el antiguo archivo "index.php". He de decir que el archivo que he usado funciona porque en el antiguo servidor no funcionaba el SEF, imagino que con SEF habría que modificar algo el código para que también tuviera en cuenta otro tipo de enlaces.

<?php
  $url = "http://www.new.url";

  if ( 0 < count($_GET) )
  {
    $url .= "index.php?";
    reset($_GET);
    $i==0;
    while ( FALSE !== current($_GET))
    {
      if($i==1)
      {
        $url.="&";
      }
      else
      {
        $i=1;
      }
      $url.= key($_GET) . "=" . current($_GET);
      next($_GET);
    }
  }
  //Header( "HTTP/1.1 307 Temporary Redirect" ); //Cambio temporal
  Header( "HTTP/1.1 301 Moved Permanently" ); //Cambio permanente
  Header( "Location: ".$url );
?>

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Fuentes:

• Redirecciones URL (inglés)
• Diferencias entre SEO, SEF y SEM (inglés)
• Función header() en PHP (inglés)